鑒定真假水晶的方法也不少，但是，可以告訴大家，在鑒定室里對一些肉眼無法直觀鑒定的水晶，目前主要依靠的是放大觀察包裹體，和用大型的鑒定儀器……紅外光譜來鑒定是否是天然的還是合成水晶。
原石沒有六方晶系結晶，這是最容易判斷的地方；但若是磨成成品以后，就不好以上述的方法判別，一定要借助「紫外線光譜儀」才能分辨真假。市面上最多的是無色透明的白水晶、紫水晶、黃水晶、以及水藍色的水晶彷冒品。
天然水晶在構成過程中，通常受環境影響總含有一些雜質，對著太陽調查時，能夠看到淡淡的均勻細微的橫紋或柳絮狀物質。而假水晶多采用劣質的水晶渣、玻璃渣熔煉，通過磨光加工、上色仿制而成，沒有均勻的條紋、柳絮狀物質。
用十倍放大鏡在透射光下檢查，能找到氣泡的基本上可以定為假水晶。或用頭發絲檢查：將水晶放在一根頭發絲上，人眼透過水晶能看到頭發絲雙影的，則為天然水晶，主要是因為水晶具有雙折射。又或將熱導儀調節到綠色4格測試寶石，天然水晶能上升至黃色2格，而假水晶不上升，當面積大時上升至黃色一格。
天然水晶在形成過程中，往往受環境影響總會有一些雜質，對著太陽觀察時，可以看到淡淡均勻細小的橫紋或柳絮狀物質。而假水晶多采用殘次的水晶渣、玻璃渣熔煉，經過磨光加工、著色仿造而成，沒有均勻條紋、柳絮狀物質。合成水晶的第三個特點是凈潔無瑕。天然水晶中常有包裹體和綿，而合成水晶晶瑩剔透。
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